病魔。それは人間に取り憑いて病気を引き起こす妖怪のことだ。これに対抗するため、医学の神様が人間界に遣わしたのがマジカルナースでした。マジカルナースは心の純粋な少女たちの中から選ばれました。しかし病魔の執拗な攻撃のため、多くのマジカルナースが脱落してしまったのです。しかし過酷な戦いにもめげず三ノ宮舞菜は神から遣わされたトトと供に、父の経営する病院を儲けさせるためにがんばるのでした。（第１巻より）
マジカルナース２号を特訓し、２号がひとりで役目を果たすことができるようにしたマジカルナース１号舞菜は、格安ツアーでヨーロッパに遊びに行くことにした。ところが、舞菜たちの乗る飛行機がハイジャックされてしまったのだ。
一計を案じた舞菜は、トイレに行きマジカルナースに変身、ハイジャッカーを倒すことに成功した。しかし、そのころコクピットでは機長達が病魔に取り憑かれていた。取り憑かれた機長達は、海に目掛けて飛行機を降下させ始めた。
この病魔を倒すことにも成功した舞菜だったが、飛行機を操縦できるものはいなくなってしまった。このままでは、飛行機の墜落は免れそうもない。その時、トトは舞菜に薬を注射した。
急降下を続ける飛行機に、乗客全員が死を覚悟していた。しかし、飛行機は海面に激突することはなかった。恐れから目をつぶっていた乗客が、その目を開いたとき、飛行機の窓の外に黒い草地が広がっていた・・・
