七星小学校の屋上に建っている怪しげな建物。その中で錦小路はるかは、今日も診察をほっぽりだして新しい怪しげな機械の作成に精を出していた。
「なんでうまく動かないんだ〜」
はるかが動作しない機械を目の前に悩んでいると、小泉みゆきが怒りながら入ってきた。まじめに仕事をするように最速に来たのだ。みゆきに怒られたはるかは、製作中の機械に八つ当たりしてケリを入れた。はるかがケリをいれたその時!それまで、うんともすんともいわなかった機械が起動し、強烈な光線を発した。
めちめちゃな部屋の中、気を取り戻したはるかの見たものは、身長が8分の1になったみゆきだった。はるかが研究していたのは、物質縮小光線。そして、その光線をみゆきは浴びてしまったのだった。
状況が把握できた2人は、早速みゆきを元に戻そうとする。はるかの作った機械をもう一度使えば、もとの大きさに戻れる。しかし、起動しようと思った機械は、故障してしまっていた。直さなければ、使えない。しかし、のんびりと直す時間はなかった。みゆきの体の細胞が、小さくなった状態に順応しようとしていたのだった。このまま細胞が今の状態に順応してしまうと、みゆきの体は元に戻ることができなくなってしまうのだ。
果たして修理は間に合うのだろうか・・・