クロック一家は人間豆の家に住むボロワーズ。ボロワーズは、人間豆たちが作った道具を拝借して生活しています。ボロワーズが人間豆と呼ぶのは、そう、私たち人間のことです。ボロワーズはとても小さくて、クロック一家の主である、お父さんでさえ人間豆の子供の手に乗るぐらいの大きさなのです。
クロック一家は4人家族。人間豆のレンダー家の家の床下に住んでいます。長女のアリエッティは、毎日同じような生活が続くことに飽きていました。いつも人間豆に見つからないように、その上お父さんとお母さんの目を気にしながら生活するのにうんざり気味。ある日、テレビを見ている人間豆の男の子の後ろから、こっそりとテレビを見ていたアリエッティは、とうとう人間豆の男の子に見つかってしまいました。見つかっただけでなく捕まってしまったのです。
男の子はピートと言いました。ピートは、アリエッティと友達になることを望み、ボロワーズのことを秘密にしてくれることを約束。そして、アリエッティを家族の元に帰してくれたのでした。
そうして男の子とクロック一家の交流が始まったのです。しかし、その交流を楽しむまもなく、レンダー家には一大事が持ち上がってしまうのでした。レンダー家のおばあさんが亡くなり、その遺書が見つからないために家を奪われてしまったのです。実はそれは悪徳弁護士ポッターが、おばあさんの遺書が家に隠されていることをレンダー家に内緒にして考えた悪巧みだったのです。レンダー家は、長年住み慣れた家を出ていくしかないのでしょうか。そして、ボロワーズたちの運命は・・・