星真一と同居しすることになったノアは不思議な力を持った少女だった。彼女は妖精の生まれ変わりだった。ノアの周りで起きる不可解な事件に巻き込まれつつ真一は、ノアを守るための護神獣ノームとして覚醒した。
戦闘サイボーグとヒトラーが関係している。サイボーグが処分しようとしていたヒトラーの写真を手に入れた真一たちは、なぜ写真を処分しようとしていたかを突き止めようと手がかりを探していた。そして、スカーレットに会いに行った真一とノアの目の前にウィンディーネが現れた。
ウィンディーネはノアたちに人間を滅ぼすと宣言した。それに、人類は妖精に似せて造られたものだと恐ろしいことを口に出したのだ。だから、殺してもいいと。そしてウィンディーネは、スカーレットを連れ去ってしまった。
ニューヨークでは突如摩天楼を破壊して現れた巨大宇宙船におののいていた。Genesisが起動したのだ。Genesisに接近を試みたノアと真一たちは、巨大なサラマンダーとなったスカーレットに行く手を阻まれた瞬間に気を失った。ノアたちが目を覚ましたとき、そこはGenesisの中だった。そして、巨大なエルフィンが目の前に現れたのだった。