三年前の戦いで防衛軍はまどかを残して壊滅したが、防衛軍には新たなスタッフが集まり、まどかも心の傷を乗り越えて戦い続けていた。だが新たな防衛軍にも宇宙人の魔の手は迫っていた。それを知らないまどかは、フレアレディに変身して、執拗にフレアタイマーを攻撃する怪獣グランドンと戦う。グランドンを倒した直後でエネルギーを消耗したフレアレディに、防衛隊の科学者に化けていたキリール星人が襲い掛かる…。