メモルは宇宙船の故障で地球に不時着したリルル星人の子供。多くの仲間と一緒に自分たちの星に帰ることを願いつつ生活していた。宇宙人達は地球人との接触を嫌い、人里はなれた湖の真ん中にある島で暮らしていた。なぜ地球人との接触を嫌っていたか。それは、彼ら宇宙人のサイズが、地球人の手のひらに乗ってしまうほどに小さかったからだ。
メモルも地球人と全く会うことなしに、大人たちの間ですくすくと成長していた。ある日、小鳥を助けるのに夢中で、地球人の家まで来てしまい、そこで地球人を初めて見ることになる。
メモルは自分に比べ圧倒的に体の大きな地球人を見て驚くが、その地球人が子供で女の子であることから奇妙な親近感を感じていた。その女の子は体の大きさに似合わず弱々しかった。ある日ベッドの中で、女の子が死線をさまようのを見て、メモルは励ますために女の子の脇にまで近寄っていった。
マリエルは生まれつき病弱だった。静養するため親元から離れ、別荘で過ごすことがほとんどだった。しかし元気になるどころか、日に日に元気を失っていった。
ある日病気になり、もともと体の弱かったマリエルはベッドに伏し、死線をさまようほどに悪化していった。その時、小さな声が励ましてくれたのだった。その声に応えるようにマリエルは目を覚まし、そしてみるみる元気になっていった。
小さな声の主はメモルという、手のひらに乗るほど小さな女の子だった。２人は不思議な友情で結ばれていくのだった。