トイレット博士。それは美しくも一生をうんこの研究に捧げた男の物語である。
研究所で博士が、めずらしくなにやら料理をしている。いや料理ではなく、新しい薬を作っているのだった。博士がちょっと目を離した隙に、その美味そうな香りのする薬を口にしてしまった。博士が戻ってくると、そこには小さくなった助手が。
「博士、いつのまに大きくなったんですか!?」
「おまえが小さくなったんだ!」
博士の作っていた新しい薬とは、人間を小さくする効果のある薬だったのだ。しかし、効果が切れると元に戻る。助手は一時、元に戻れなくなったかと思い肝を冷やしてしまった。
その日、トイレット研究所に1台のリムジンがやってきた。リムジンから降りたのは、お嬢様風の可愛い女の子とその召使いといった風情だ。話を聞けば、お嬢様は1ヶ月もの間、便秘に悩まされているという。そこでトイレット研究所に博士を訪ねてきたのだ。
早速博士は、先ほど完成した小さくなる薬を自分と助手に使い、小さくなってお嬢様の体の中から便通を得ようと考えた。早速2人は、小さくなり、薬と偽り、お嬢様に飲み込んでもらった。こうしてお嬢様の体の中に入っていった2人は、お嬢様の命を救うために、肛門を目指すのだった・・・