1942年12月。ドイツの一方的勝利が続く第2次世界大戦に物語は始まる。
朝雲博士はドイツのために「ビッグＸ」という薬の研究を行っていた。しかし、研究の成果をドイツ軍には渡さないことを決心していた。そしてドイツの敗戦色が濃くなったある日、博士は自分の息子を盲腸炎と偽り手術を行った。博士が手術を終わり手術室から出たとき博士を待っていたのは博士の死だった。破棄された書類とともに、ビッグＸは謎のままこの世から姿を消した。
それから20年の歳月が流れた。
朝雲しげるは、突然腹痛に襲われた。レントゲン撮影の結果、しげるの腹の中に金属片があることが判明。金属片を取りだすための緊急手術が行われた。そんなとき、病院へ直接しげるの妻宛に一本の電話があった。
「マダム・・・いや47号」
その声にはっとする妻。なんと、しげるの妻は、しげるを監視するために送り込まれたナチス同盟のスパイであったのだ。47号は偽装結婚までしてしげるを監視していたが、47号は長い年月の間にしげるに愛情を持つようになり、昭という子供までもうけていたのだった。
ナチス同盟は47号の報告を受け、病院を襲い金属片を手に入れた。金属片にはビッグＸの研究成果が記されていたのだ。それは20年前、しげるの父がドイツで偽りの手術を行い埋め込んだものだった。ナチス同盟は、母である47号を追って忍び込んできた昭をモルモット替わりにしてビッグＸを注射した。すると昭の体がみるみる膨れ上がり巨人となってしまった...
ナチス同盟の組織を探っていた昭は、不思議な能力を持つニーナという少女をナチス同盟から助け出した。ナチス同盟から逃避行を続ける昭とニーナは、とある村にたどり着いた。その村はナチス同盟に支配されており、革命を企てたものの失敗。村長らはナチス同盟に捕らわれてしまった。昭は村長ら村民を救い出すため、再びナチス同盟の本拠地に乗り込んだ。
シルバー議員は大統領選挙に立候補していた。その大統領候補はニューヨークの美術館で、怪しげな覆面の男と会談していた。
50年以来の大寒波の中、ブルブ博士は寒さを感じていなかった。心待ちにしていた人を迎えに空港まで来ていたからだ。やがて飛行機が着陸しタラップが横付けされ、男と女の２人が降りてきた。昭とニーナだった。二人は飢饉を救うためにこの国に来たのだった。